​​​​​ELECTROPERU S.A. continuó a cargo de los principales sistemas interconectados regionales hasta 1993 en que, en base a sus instalaciones, formó sucesivamente empresas de generación y transmisión,  las que se han ido privatizando, para formar un mercado eléctrico más amplio, fomentando la competencia en el sector. Al mismo tiempo, desarrolló proyectos de generación térmica, que convertidos en nuevas empresas se privatizaron igualmente. Entre las empresas privatizadas destacan EGENOR, ETEVENSA, EGE CAHUA y ETECEN.  

En 1996 ELECTROPERU S.A. recibe el encargo de administrar el sistema de generación de Tumbes y al mismo tiempo desarrolla en sucesivas etapas el reforzamiento de la transmisión en la región costera del norte extendiendo el Sistema Interconectado en 220 000 voltios hasta Zorritos mediante la construcción de las líneas Piura - Talara y Talara - Zorritos, instalando asimismo una nueva planta térmica en Tumbes y facilitando el desarrollo del sistema de subtransmisión para la distribución eléctrica en dicha zona.

En Junta General de Accionistas del 06 de enero de 1999, se aprobó el Estatuto Social de ELECTROPERU S.A., en adecuación a la Ley General de Sociedades N° 26887. 

Asimismo en Sesión de Directorio N° 1051 del 29 de diciembre de 1999, se aprobó el Manual de Organización y Funciones (MOF), el cual se ha actualizado incorporando las modificaciones de la estructura orgánica de la empresa, aprobadas en Sesiones de Directorio N° 1113 y 1157 de fechas 06 de marzo de 2002 y 25 de agosto de 2003 respectivamente. 

En el año 2002 las líneas de transmisión Piura - Talara y Talara - Zorritos, fueron transferidas al Ministerio de Energía y Minas, para su entrega al sector privado en calidad de concesión.

Finalmente, ELECTROPERU S.A. queda en su status actual de empresa generadora a cargo del Complejo Hidroeléctrico Mantaro y la Central Termoeléctrica de Tumbes.

​En cuanto a la propiedad de las acciones representativas del capital social de ELECTROPERU S.A., se tiene lo siguiente:

  ​* Por Ley N° 27170, del 8 de setiembre de 1999, la titularidad de las acciones representativas del 100% del capital social de ELECTROPERU S.A., fue transferida al Fondo Nacional de Financiamiento de la Actividad Empresarial del Estado - FONAFE .
 

 ​* Por Ley N° 27319, de fecha 21 de julio de 2000, se dispuso la transferencia en propiedad de la totalidad de las acciones de ELECTROPERU S.A. al Fondo Nacional de Ahorro Público FONAHPU.

* Por Ley N° 27617, del 28 de diciembre de 2001, se dispuso que se incorpore en el activo del Fondo Consolidado de Reservas Previsionales la totalidad de los recursos del FONAHPU cuya rentabilidad se destinan a financiar la bonificación de los pensionistas, estableciéndose que dichos fondos son de carácter intangible. Por encargo, las acciones de ELECTROPERU S.A. son administradas por el FONAFE.

Por su gran capacidad generadora, ELECTROPERU S.A. cumple un rol fundamental en el sector eléctrico peruano, que en el transcurso de los últimos años ha propiciado la formación de un mercado competitivo.​